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Le système universitaire au Japon est le dernier échelon du système éducatif japonais. L'accès à celui-ci se fait à l'issu d'une scolarité dans le secondaire, et est conditionné par des examens d'entrée dont la sélectivité varie en fonction du prestige de l'université. Il compte des universités nationales, gérées par l'état, des universités publiques, gérées par des collectivités locales, et des université privées. Si ces dernières comptent un plus grand nombre d'étudiants de premier cycle, les universités nationales dominent dans les activités de recherche en scolarisant la majorité des étudiants de second et troisième cycle. Ce système commence à émerger dans la seconde moitié du XIXe siècle, influencé par le modèle occidental, et héritant de la tradition académique des rangaku. Les premiers établissement sont ouverts à l'initiative de l'État et de particuliers comme Fukuzawa Yukichi, et dynamisés par le recours à des Conseillers étrangers. Le système est restructuré après guerre, ce qui entraine une démocratisation de celui-ci, et un essor important des établissements privés. L'accueil d'étudiant étrangers se développe à partir des années 1980, et dans les années 2010 fait l'objet de programmes particuliers comme Global 30 pour favoriser son essor.
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 Chiffres clés (2012)
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Lumière sur
 L'affaire Kume (久米邦武筆禍事件, Kume Kunitake Hikka Jiken) est une controverse universitaire qui se déroule au Japon, à l'ère Meiji (1868 - 1912). Elle porte sur l'analyse faite par l'historien Kume Kunitake des documents historiques retraçant la fondation mythique du Japon. Dans l'édition d' de la revue Shigaku zasshi, il soutient que le shintō est une croyance religieuse dépassée ; une affirmation qui fait grand bruit dans un pays où le pouvoir en place vient d'instaurer un shintoïsme d'État dont l'origine divine de la lignée impériale est l'un des piliers fondateurs. En effet, la republication de l'article de Kume, le , dans une revue au lectorat plus large, fait éclater une polémique publique. Attaqué par les milieux conservateurs et religieux, et ne pouvant compter sur des soutiens dans le monde académique, le professeur de l'université impériale de Tokyo est contraint à la démission. Pour les historiens qui l'ont étudiée par la suite, cette affaire est un cas d'atteinte aux libertés académiques et constitue l'une des principales affaires de censure de l'ère Meiji. Articles labellisés
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