Per quanto riguarda il motomondiale, esordisce nella stagione 1995 in classe 125 con una Yamaha del team Aspar Cepsa. Nel 1996, confermato dal team Aspar, passa a competere con una Aprilia senza cambiare classe; in nessuno dei primi due anni raggiunge risultati tali da ottenere dei punti in classifica del mondiale.
Nel motomondiale 1997 ottiene i suoi primi risultati in classifica e conclude la stagione al 26º posto; nel motomondiale 1998 raggiunge invece la 19ª posizione.
Nel motomondiale 1999 passa alla guida di una Honda e conclude il campionato al 22º posto, nel 2000 al 15º e nel 2001 al 16º.
Nel 2008 diventa direttore di un team della KTM che gareggia nella classe 125 e nel 2009 è gestore, insieme al fratello Pablo, del team Grupo Francisco Hernando in MotoGP, con pilota Sete Gibernau su Ducati Desmosedici. Il team si ritira però dal mondiale prima della fine dell'anno.