Zdaniem Heideggera istnieje tylko jedno pytanie filozoficzne: co to znaczy być? Drogę ewolucji jego poglądów wyznaczały różne sposoby formułowania tego pytania. Początkowo Heidegger był związany z neokantyzmem badeńskim (szkoła badeńska), H. Rickertem i E. Laskiem. W swojej pracy habilitacyjnej łączył scholastykę i jej realizm z filozofią transcendentalną I. Kanta. Czysty podmiot posiada różne kategorie bytu, które są racjonalnymi formami ujmowania różnych rodzajów rzeczywistości: fizycznej, psychicznej, materialnej(?) i duchowej. Już we wczesnych pracach Heideggera widać wpływy fenomenologii E. Husserla, z którym Heidegger współpracował od 1916 i po którym objął katedrę filozofii we Fryburgu Bryzgowijskim. Najgłośniejsza praca Heideggera Bycie i czas (1927, wydanie polskie 1994) jest właśnie fenomenologiczną analizą doświadczenia obecności bytu. Metoda fenomenologiczna każe opisać nasze doświadczenie i jego obiekty tak, jak się one bezpośrednio jawią. Heidegger rozróżnia to, czym dany byt jest, jak i samą obecność tego bytu — jego bycie (możemy więc rozpatrywać osobno: czym jest np. krzesło, jego formę i materiał, z którego zostało ono wykonane, oraz sposób, w jaki to krzesło jest obecne). Sposób obecności bytu określa jego charakterystykę materialną: czym innym są obiektywne cechy przedmiotu, który stoi nam przed oczyma, a czym innym odkrywane w trakcie pracy funkcjonalne własności narzędzia, które leży nam pod ręką. Także różnicę między człowiekiem a rzeczą można opisać jako różnicę w sposobie obecności. Człowiek jest obecny w inny sposób niż rzeczy. Nieuchwytna obecność człowieka polega na tym, że nigdy nie wiemy do końca, kim jesteśmy i z kim mamy do czynienia. Obecność człowieka, mówił Heidegger, polega na tym, że człowiek jest otwartą możliwością. To, kim jest — dopiero się rozstrzyga. Człowiek nie jest więc substancją, którą można obejrzeć ze wszystkich stron, lecz projektem, który przekracza własną teraźniejszość i wykracza poza swój stan aktualny. Nie wyklucza to faktu, że człowieka można potraktować jak rzecz (jak przedmiot albo narzędzie), ale doświadczamy wtedy szczególnego zubożenia: znika specyficznie ludzki sposób obecności. Heidegger analizował w pracy Bycie i czas doświadczenia emocjonalne i społeczne człowieka, doświadczenie lęku i śmierci oraz doświadczenie czasu i historii, pokazując ich wymiar ontologiczny: sposób, w jaki odsłania się w nich byt w swoim byciu.

Około 1930 Heidegger zaczął uprawiać filozofię transcendentalną w inny sposób. Tę przemianę sam nazywał: zwrotem. W Byciu i czasie Heidegger analizował proces uobecniania świata w relacji między człowiekiem a rzeczami. To ludzka egzystencja, mówił tam Heidegger, wydobywa na jaw różne sposoby obecności bytu. W swoim drugim podstawowym dziele, wydane pośmiertnie Przyczynkach do filozofii (1989, wydanie polskie 1996), porzucił tę antropocentryczną perspektywę. Heidegger omawia tutaj „dzieje bycia”. Jest to próba opisu historii Europy przez pryzmat różnych form obecności bytu. Sposoby obecności człowieka i rzeczy są dziejowe: inaczej jest obecny świat w greckim polis, inaczej — w warsztacie średniowiecznego rzemieślnika, a jeszcze inaczej — w nowoczesnej fabryce. Dzieje bycia, głębinowa historia sposobów obecności rzeczy, jest czymś bardziej pierwotnym i fundamentalnym, niż stosunki między człowiekiem a otaczającymi go rzeczami. Filozofia, według Heideggera, zawsze (choć nie zawsze w sposób świadomy) zdawała sprawę z tych różnych doświadczeń bycia bytu. Ostatnim słowem europejskim metafizyki jest technika: to właśnie ona realizuje kartezjańskie marzenie o absolutnej pewności i całkowitej przejrzystości bytu. Technika jest nie tylko narzędziem w rękach człowieka, lecz przede wszystkim formą organizacji rzeczywistości i uobecniania bytu. Technika rozstrzyga dzisiaj o tym, w jaki sposób człowiek jest obecny. Ważne miejsce w filozofii Heideggera w tym okresie odgrywała ontologiczna analiza sztuki (pytanie: jakie doświadczenie obecności jest związane z doświadczeniem sztuki?) oraz interpretacje pism presokratyków: Heraklita z Efezu i Parmenidesa z Elei. Heidegger uważał, że Grecy widzieli rzeczywistość przenikniętą nieobecnością. Takie doświadczenie obecności bytu, według Heideggera, staje się na powrót udziałem naszej cywilizacji. Ostatnia część Przyczynków została poświęcona religii. Kwestia wiary była jedną z najważniejszych spraw, nie tylko w filozofii Heideggera, ale także w jego życiu. W 1909 przyszły filozof wstąpił do nowicjatu Towarzystwa Jezusowego, lecz został z niego zwolniony, prawdopodobnie z powodu kłopotów zdrowotnych (był chory na serce). Potem Heidegger porzucił chrześcijaństwo: w jego ontologii nie było miejsca dla substancjalnego i osobowego Boga, tak samo jak nie było miejsca dla osobowego i substancjalnego człowieka. W swej późniejszej filozofii Heidegger starał się opisać doświadczanie religijne jako pierwotne doświadczenie świętości. Mówił także o „ostatnim Bogu”, który nie jest Bogiem metafizyki chrześcijańskiej.

Dzieło Heideggera wzbudziło już za jego życia gwałtowne kontrowersje. Niekiedy odmawiano mu nawet jakiejkolwiek wartości. Dla filozofów z kręgu filozofii analitycznej Heidegger to skrajny przykład metafizyka, który błędnie posługuje się językiem, ponieważ nie respektuje reguł logiki formalnej. Ale Heidegger, chociaż żył na uboczu i chciał być filozofem prowincjonalnym, bywał także filozofem modnym. Czyniono z niego, z reguły wbrew jego intencjom, patrona różnych mód intelektualnych: był więc patronem egzystencjalizmu, a potem postmodernizmu. Wśród filozofów, którzy wiele skorzystali z jego myśli, są: fenomenolodzy egzystencjalni — J.P. Sartre i M. Merleau-Ponty, hermeneuci — H.-G. Gadamer i P. Ricoeur, oraz filozofowie różnicy — J. Derrida i G. Deleuze. Wpływ Heideggera rozciąga się od psychoanalizy (L. Binswanger, J. Lacan, H. Marcuse), przez teologię i filozofię religii (R. Bultmann, K. Rahner, E. Lévinas), aż po filozofię polityczną (H. Arendt) i filozofię fizyki (K.-F. von Weizsäcker).