Nel novembre 2006 è salito alla ribalta a causa degli infortuni del primo portiere, il cecoPetr Čech, e della sua prima riserva, l'italianoCarlo Cudicini. Essendo questi due fuori causa, è toccato a Hilário difendere la porta dei Blues nell'importante match di Champions League contro i campioni in carica del Barcellona. Non ha subito gol (il Chelsea ha vinto 1-0), ha dimostrato di saper compiere ottime parate e alla fine è risultato anche fra i migliori in campo. Nel match di Premier League di dieci giorni dopo, a Sheffield, contro lo Sheffield United, terminato 2-0 per il Chelsea, Hilário ha parato un rigore. Con l'abbandono di Carlo Cudicini che è andato al Tottenham, diventa il secondo portiere, ma a causa di alcune prestazioni poco convincenti, viene superato da Ross Turnbull e ritorna ad essere il terzo portiere. Il 13 giugno 2011, in scadenza di contratto, rinnova il proprio contratto ancora per la stagione 2011-2012.[1]. Nel 2011-2012 vince la Champions League con il Chelsea. Nella stagione 2012-2013 vince l'Europa League pur non scendendo in campo.