RefSeq
La RefSeq —en anglès Reference Sequence, seqüència de referència— és una base de dades[1] d'accés obert, anotada i curada manualment, que conté seqüències nucleotídiques (ADN, ARN) i els seus productes proteics. Està mantinguda pel National Center for Biotechnology Information (NCBI) i, a diferència del GenBank, proporciona només un únic registre per a cada molècula biològica natural (ADN, ARN o proteïna) per a diferents organismes, tant virus i bacteris com eucariotes.
Per a cada organisme model, la RefSeq té registres separats i enllaçats tant per a l'ADN genòmic com per als transcrits i proteïnes que se'n deriven. La RefSeq es limita a aquells organismes importants que tenen prou dades disponibles, mentre que el GenBank inclou totes les seqüències que s'hi han tramès sense cap mena de restricció pel que fa a l'organisme.
Categories de RefSeq
[modifica]| Categoria | Descripció |
|---|---|
| NC | Molècules genòmiques completes (p. ex., cromosomes) |
| NG | Regió genòmica incompleta |
| NM | mRNA |
| NR | ncRNA |
| NP | Proteïna |
| XM | mRNA model predit |
| XR | ncRNA model predit |
| XP | proteïna model predita |
Notes
[modifica]- ↑ Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR (2005)