לראשונה בתולדות המונדיאלים הוענקו 3 מקומות ישירים בטורניר לאפריקה, בזכות הישגי הנבחרות האפריקניות במונדיאל 1990. 24 המקומות במונדיאל הוקצו לקונפדרציות הכדורגל של פיפ"א כמפורט להלן:
אירופה (אופ"א): 13 מקומות, מתוכם אחד לאלופה גרמניה ועל 12 האחרים התחרו 38 נבחרות כולל ישראל.
דרום אמריקה (CONMEBOL): 3.5 מקומות, עליהם התחרו 9 נבחרות. הנבחרת שזכתה במקום החצוי העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי מול נציגת אוקיאניה או צפון, מרכז אמריקה והקריביים.
צפון, מרכז אמריקה והקריביים (CONCACAF): 2.25 מקומות, מתוכם אחד למארחת ארצות הברית ועל המקום ורבע הנוספים התמודדו 22 נבחרות. הנבחרת שזכתה ברבע מקום העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי נגד נציגת אוקיאניה.
אוקיאניה (OFC): רבע מקום, עליו התחרו 7 נבחרות. הנבחרת שזכתה ברבע מקום העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי נגד נציגת צפון, מרכז אמריקה והקריביים.
130 נבחרות השתתפו במשחק מוקדמות אחד לכל הפחות. בסך הכל נערכו 497 משחקים, בהם הובקעו 1,446 שערים (ממוצע של 2.91 שערים למשחק). הייתה זו הפעם הראשונה בתולדות המונדיאלים שבה הובקעו למעלה מ-1,000 שערים בטורניר המוקדמות.
צ'ילה לא השתתפה בטורניר המוקדמות כיוון שהושעתה על ידי פיפ"א בעקבות ניסיון הרמאות במשחק מוקדמות מונדיאל 1990 מול ברזיל. 9 הנבחרות הנותרות חולקו לשני בתים. הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. מספר הנבחרות ותנאי ההעפלה מכל בית מפורטים להלן:
בבית 1 היו 4 נבחרות. הנבחרת הראשונה בבית העפילה ישירות למונדיאל, והנבחרת השנייה בבית העפילה לפלייאוף הבין יבשתי דרום אמריקה/צפון, מרכז אמריקה והקריביים/אוקיאניה.
בבית 2 היו 5 נבחרות. שתי הנבחרות הראשונות העפילו ישירות למונדיאל.
ברזיל ובוליביה העפילו. הפסדה של ברזיל לבוליביה ב-25 ביולי1993 היה הראשון שלה בתולדות מוקדמות המונדיאל. עד לאותו הפסד עמד מאזנה של ברזיל על 24 ניצחונות ו-6 תוצאות תיקו.
23 נבחרות המשתייכות ל-CONCACAF נרשמו למוקדמות המונדיאל, והתחרו על 2.25 מקומות בטורניר, שמתוכם אחד נשמר למארחת ארצות הברית. המשחקים התנהלו בשלושה סבבים. מקסיקו וקנדה העפילו אוטומטית לסיבוב השני. 20 הנבחרות הנותרות חולקו ל-2 אזורים, לפי שיקולים גאוגרפיים, כמפורט להלן:
סיבוב ראשון:
האזור הקריבי: 14 הנבחרות שיחקו בטורניר נוקאאוט בשיטת בית-חוץ על מנת לקבוע את 3 הנבחרות שיעפילו לסיבוב השני.
האזור המרכז אמריקני: 6 הנבחרות חולקו לזוגות ושיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית חוץ. הנבחרות המנצחות העפילו לסיבוב השני.
סיבוב שני: 8 הנבחרות חולקו ל-2 בתים בני ארבע נבחרות כל אחד. הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. שתי הנבחרות הראשונות בכל בית העפילו לסיבוב הגמר.
סיבוב הגמר: 4 הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית חוץ. הנבחרת הראשונה בבית העפילה למונדיאל, והנבחרת השנייה העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי צפון, מרכז אמריקה והקריביים/אוקיאניה.
סיבוב ראשון: 30 הנבחרות חולקו ל-6 בתים בני חמש נבחרות כל אחד, אם כי בתים 2 ו-5 היו עם ארבע נבחרות בעקבות פרישת מיאנמר ונפאל. הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה פעמיים. הנבחרת הראשונה בכל בית העפילה לסיבוב הגמר.
סיבוב הגמר: 6 הנבחרות שהעפילו מהסיבוב הראשון שיחקו אחת נגד השנייה פעם אחת בטורניר שנערך בקטר. שתי הנבחרות הראשונות בבית העפילו למונדיאל.
לפני תחילת המוקדמות באוקיאניה פרשה סמואה, ולפיכך נותרו שש נבחרות בהתמודדות על רבע מקום. המשחקים התנהלו בשני סבבים:
סיבוב ראשון: 6 הנבחרות חולקו לשני בתים בני 3 נבחרות כל אחד. 3 הנבחרות שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. הנבחרת הראשונה בכל בית העפילה לסיבוב הגמר.
סיבוב הגמר: שתי הנבחרות שהעפילו מהסיבוב הראשון שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית-חוץ. הנבחרת המנצחת בסיכום שני המשחקים העפילה לפלייאוף הבין-יבשתי צפון, מרכז אמריקה והקריביים/אוקיאניה.
לראשונה בתולדות המונדיאלים נערכו שני סבבים של פלייאוף בין-יבשתי. הנבחרות מאוקיאניה ומצפון, מרכז אמריקה והקריביים שיחקו אחת נגד השנייה בשיטת בית חוץ. המנצחת במשחקים אלה העפילה לשלב הפלייאוף השני מול נציגת דרום אמריקה, ושיחקה נגדה בשיטת בית-חוץ. הנבחרת המנצחת בסיכום שני המשחקים האלה העפילה למונדיאל.