13-та флотилія підводних човнів Крігсмаріне була сформована у червні 1943 року з розгортанням на базі в Тронгеймі в окупованій Норвегії. Зоною відповідальності флотилії визначалися арктичні води, північніше зони відповідальності 11-ї флотилії підводних човнів Крігсмаріне. Окремі човни 13-ї флотилії базувалися в Нарвіку та Хаммерфесті. Першим і єдиним командиром флотилії був корветтен-капітанРольф Рюггеберг. Крім основного завдання, атаки на конвої в СРСР, човни 13-ї флотилії здійснювали метеорологічну діяльність та операції з дозаправки гідролітаків-розвідників Bv 138.
У 1944 році флотилія почала поповнюватися за рахунок човнів, що втекли із Франції, що призвело до реорганізації формування шляхом створення з частини його човнів 14-ї флотилії з базуванням у Нарвіку. У травні 1945 року після капітуляції Німеччини 13-та флотилія була розформована.
Walter Lohmann und Hans H. Hildebrand: Die deutsche Kriegsmarine 1939—1945, Gliederung — Einsatz — Stellenbesetzung, Verlag Hans-Henning Podzun, Bad Nauheim
Бишоп К. Подводные лодки кригсмарине. 1939—1945. Справочник-определитель флотилий = Kriegsmarine U-boats 1939—1945. — М.: Эксмо, 2007. — 192 с. — (Военная техника III Рейха). — ISBN 978-5-699-22106-6
.svg){kind=small}
Третій Рейх.svg){kind=small}
Вермахт
Крігсмаріне
Тронгейм
.svg){kind=small}